Caso seja aluno de outra Instituição de ensino, assim que concluir a Disciplina Isolada, a minha Instituição é obrigada a aceitar essa disciplina para aproveitamento de estudos?

Não. No caso de alunos regularmente matriculados em outra Instituição de ensino e que estejam realizando a disciplina para aproveitamento de estudos, a forma mais correta é apresentar ao coordenador do seu curso o plano de ensino da disciplina que deseja se matricular, antes de efetivar a matrícula.